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不合理使用抗菌藥物的最直接后果是增加藥品不良反應的發生幾率，比如出現惡心、嘔吐等胃腸道反應，皮疹或過敏性休克等過敏反應，白細胞、血小板減少、凝血功能異常等血液系統毒性，心肝腎功能的損害。長期使用廣譜抗菌藥物可能會引起菌群失調，繼發二重感染，包括致死性艱難梭菌感染等。最長遠的影響是在抗菌藥物選擇壓力下，誘導出之前使用抗菌藥物不能殺滅或者耐藥菌群出現并且定植。 一旦出現免疫功能低下，特別是血糖控制不好糖尿病患者、高齡、長期使用激素以及免疫抑制劑患者，定植耐藥菌很可能會發展為致病菌，成為下一次感染性疾病發生元兇。對自身而言，會增加治療難度和醫療費用，對他人而言會增加耐藥菌傳播風險。