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因為細菌可以在外環境中，也可以寄生在體表或者各種腔道，比如腸道、陰道，以及泌尿系統，還有口腔，可能都含有細菌。這些細菌如果打破了局部免疫屏障或者出現在腸道，或者其他寄生部位的菌群紊亂、局部的皮膚黏膜免疫屏障功能被打破，都有可能會引起細菌感染。細菌的感染可以是外源性，也可以是內源性，比如呼吸道感染，是引起細菌感染最多見的感染部位。呼吸道黏膜如果在受涼、受寒、淋雨、疲勞的情況下，可能會引起局部的免疫功能下降，局部的免疫球蛋白會減少，吞噬功能會下降。另外，呼吸道的纖毛系統會出現運動功能的障礙，如果有外來入侵的病原微生物，不能夠及時被清除，這時就可以引起感染。對于表皮，如果皮膚黏膜有破損，寄生在表皮的表皮葡萄球菌以及大腸桿菌等，就可以引起皮膚黏膜感染。對于腸道，如果出現了正常菌群紊亂，沒有被殺死的耐藥細菌，就有可能過度生長而引起疾病。如果異位到其他部位，也可能會引起感染。此外，食物如果被細菌污染，進入到消化系統之內，也會引起胃腸道的感染。所以，一般細菌的感染，主要是由于抵抗力下降，一方面接觸外源性細菌引起感染。另一方面是內在的細菌，可以在免疫功能低下時乘虛而入引起感染。