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頭顱磁共振(MRI)在磁共振檢查中是應用最多的一項，因為頭顱磁共振相對頭顱CT有較多優勢，具體如下： 1、腦干、小腦因為顱骨干擾，CT掃描效果不好，但是磁共振沒有骨骼干擾，小腦和腦干顯示非常清晰，容易發現病變； 2、頭顱磁共振可以早期發現腦梗死，CT檢查時腦梗死發病24小時后才有信號改變，但是頭顱磁共振在發病6小時后就可以明確看到信號改變； 3、頭顱磁共振容易區分腦梗死病灶是新鮮還是陳舊，CT不容易鑒別，如果在磁共振彌散加權圖像上看到明顯高信號，說明是新鮮腦梗死； 4、診斷腦炎類疾病，磁共振明顯較CT有優勢，可以更容易發現病變，并清楚顯示病變范圍； 5、磁共振更容易發現顱骨下方小腫瘤，CT因為顱骨干擾，小腫瘤容易漏診。