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抗甲狀腺過氧化物酶抗體低一般是正常情況。一般在病理狀況下機體將甲狀腺當成抗原，產生針對甲狀腺的一些自身抗體，包括抗甲狀腺過氧化物酶抗體、微粒體抗體、促甲狀腺激素受體抗體。此時機體分不清敵我，對機體十分不利。抗甲狀腺過氧化物酶抗體高常見于橋本甲狀腺炎、彌漫性甲狀腺腫伴甲狀腺功能亢進癥，以及其他的自身免疫性疾病，如類風濕性關節炎、皮肌炎、SCLE病、系統性紅斑狼瘡、多發性肌炎、重癥肌無力。若機體的抗甲狀腺過氧化物酶抗體低，說明機體沒有發生上述病癥是正常的現象。此時抗甲狀腺過氧化物酶抗體低，可忽略不計，相當于查尿常規時尿糖是陰性、尿蛋白是陰性等機體的正常反應。因此，若患者出現抗甲狀腺過氧化物酶抗體下降、減低，即提示機體目前處于正常狀態，沒有發生一些自身免疫性疾病。一般在一些自身免疫性疾病時，根據病因的不同產生抗體的水平也不一樣。比如發生橋本甲狀腺炎時，抗甲狀腺過氧化物酶抗體升高的程度比甲狀腺功能亢進癥高很多。因為橋本甲狀腺炎是自身免疫性疾病里較明顯的一種。