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頭孢菌素和阿莫西林都是治療感染性疾病臨床常用的抗生素，在臨床應用上的不同從藥物類別、是否皮試、抗菌譜三個方面進行比較，具體如下： 1、藥物類別：阿莫西林是抗菌藥物，頭孢菌素是一類，包括頭孢一代、二代、三代和四代； 2、是否皮試：阿莫西林屬于青霉素類抗生素，在使用前要進行皮試，因為發生速發型過敏反應可能會導致過敏性休克而死亡；而頭孢菌素導致的過敏反應比青霉素要少，國家沒有強制進行皮試； 3、抗菌譜：阿莫西林可以用于腸球菌、李斯特菌引起的感染，還可以聯合其它抗菌藥物比如甲硝唑、克拉霉素，用于清除幽門螺桿菌的感染；而頭孢菌素則不能用于這些感染，頭孢菌素也有抗菌譜自身的特點，比如第三代頭孢菌素中的頭孢他啶可用于銅綠假單胞菌引起的感染，而阿莫西林對銅綠假單胞菌無效。阿莫西林和頭孢菌素各有特長，臨床選用的時候要根據各自的特點合理應用。