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高同型半胱氨酸的危害實際上也就是高同型半胱氨酸血癥的危害，高同型半胱氨酸血癥與血管性疾病，包括腦血管病和心血管疾病的發生有密切關系。高同型半胱氨酸血癥可以造成血管內皮細胞的損傷，引起血管活性因子的改變，刺激血管平滑肌的增殖，還可以引起內皮細胞的凝血以及抗凝血功能紊亂。國內外多年的臨床及實驗研究已經證明，高同型半胱氨酸血癥與冠心病具有明顯的相關性，并且血漿中高同型半胱氨酸血癥與冠狀動脈病變程度有相關關系。通過冠脈造影已經發現血漿的同型半胱氨酸越高，冠狀動脈阻塞的分支就越多，同型半胱氨酸濃度增加，使得頸動脈的狹窄也普遍性增加，且血漿中同型半胱氨酸高度程度與頸動脈疾患的嚴重性也成正比。