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乙腦的傳染源主要是豬，因為豬的感染率極高，病毒載量也很大，病毒血癥持續的時間長。乙腦病毒在豬之間的傳染，常早于人之間傳染1-2個月，所以監測豬的感染率，有助于監測人群的流行趨勢。乙腦是一種人畜共患的傳染病，屬于蚊類媒介傳播的自然疫源性疾病，通過蚊子叮咬而傳播，構成豬到蚊，再到豬，或豬蚊再到人的傳播環節。未感染過乙型腦炎病毒者，普遍容易受到感染，但大多數為隱性感染，發病者以輕型或普通型居多，存在持久的感染后免疫，因為嬰兒可以獲得胎傳抗體，成人常經歷隱性感染而獲得免疫力，所以發病者多為2-6歲的兒童。乙腦起病較急，在起病初期的1-3天是疾病的初期，體溫在1-2天升至39-40℃，伴隨疲倦、嗜睡、頭疼、納差、惡心、嘔吐，易和上呼吸道感染發生混淆。在乙腦流行季節，遇到急性起病，發熱、嗜睡、頭疼、嘔吐等，而沒有明顯的上呼吸道感染的征象者，應警惕乙腦，少數患者可以出現神志淡漠、頸項僵直。在病程4-10天時，初期癥狀加重，腦實質損傷癥狀便會凸顯。由于高熱、抽搐和呼吸衰竭，是急期的嚴重表現，而且三者常相互影響，且呼吸衰竭是主要的死因。上述癥狀日趨好轉，部分患者便可有恢復期的癥狀，比如持續低熱、失語、流口水、多汗、面癱、肢體硬癱、肢體不自主運動、癲癇發作等，一般患者于2周左右，便會完全恢復，重型患者可能需1-6個月的時間逐漸恢復。如果超過6個月，仍未完全恢復者，便進入到后遺癥期。約5%-20%的重型患者存在后遺癥，主要為意識障礙、失語、癱瘓、癲癇、精神障礙等，經過治療后，可有不同程度的恢復，但癲癇有時會持續終生。