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CT危害主要為X線電離輻射，電離輻射對人體損害主要分為兩種，即非隨機發生損害和隨機發生損害。通常單次CT射線劑量較小，幾乎可以忽略不計。 CT輻射危害主要和射線劑量與人體組織敏感性相關，人體組織敏感性可以分為高度敏感、中度敏感、低度敏感和不敏感組織。不同人群對X線敏感性不同，兒童和孕婦對射線相對較為敏感，非必要情況下應盡可能減少X線檢查，可以進行其它替代類檢查，例如磁共振檢查。人體神經組織、腺體組織對射線相對敏感，過量射線接觸會增加腫瘤發生幾率，臨床需要高度注意。