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甲胎蛋白是臨床上常用于輔助診斷原發性肝癌或者胚胎來源的卵巢癌的臨床診斷，隨著病情的發展，甲胎蛋白的指標會明顯增高。臨床上可以通過監測甲胎蛋白的變化情況，及時評估癌癥病變的病情發展情況。在治療前后，甲胎蛋白的升高或者降低，一定程度上也會反映抗癌治療的效果。比如對于原發性肝癌的患者，如果及時有效地采取根治性的手術進行治療，則治療后患者的甲胎蛋白大多可以恢復正常。臨床上，一般甲胎蛋白的監測是在清晨抽取患者的空腹血或者抽取可疑患者的空腹血，來檢測這項指標。此外，甲胎蛋白部分情況下也可以通過抽取胸水或腹水來進行檢測。