肛周膿腫根治術后出現肛瘺的原因可能是多方面的。
首先，肛周膿腫和肛瘺是同一個疾病的兩個不同發展階段，早期為肛周膿腫，肛周膿腫破潰或切開引流后，后期形成肛瘺。在肛周膿腫手術過程中，如果只做切開引流術，沒有處理原發內口，術后可能會形成肛瘺，因為手術切口即外口，術后膿腔會收縮而形成瘺管，也就是出現內口、瘺管、外口一體的管道，即肛瘺。
其次，如果肛周膿腫做了根治術，處理了內口，一般不會形成肛瘺。然而，有少部分術后形成肛瘺了，可能是術后換藥不及時，形成了假愈合，也就是創面皮膚先愈合了，創面底部膿腔處又形成了瘺管，導致再次形成肛瘺。
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