用于治月經不調。對合并有小腹包塊、由氣滯血瘀所致的經閉、經痛較適用，患者月經稀少或數月不行，并有小腹作痛、精神郁悶、脈弦，小腹有包塊(相當于附件炎等)，可用莪術配四物湯，方如莪術散。

用于治氣滯血瘀所致的癥瘕積聚、心腹痛、脅下脹痛。例如肝硬變時如有肝硬腫大、質地較硬、脅下隱隱作痛，甚至出現腹水(但全身一般情況尚好)，可用莪術、三棱。配其他逐瘀、軟堅、益氣藥，方如莪棱逐瘀湯。兼有郁熱者。配梔子、生地、旱蓮草。

用于治飲食積滯(消化不良)，取其有健胃作用。凡有氣脹、腸鳴、胃部滿實作痛，可用莪術開胃消食止痛，常配木香、川樸或配谷芽、麥芽、青皮、陳皮、檳榔等，平素胃弱者須加配黨參、黃芪、白術。

用于治療癌腫。據最近報道，用莪術注射液治療子宮頸癌，每日在病灶局部注入藥液10~30毫升，療程3個月左右，療效較好(但晚期病例無效)。又可配合口服水煎劑，處方：莪術(醋制)9g，三棱(醋制)9g，水三碗煎成一碗，早飯前和晚飯后各服半碗。也可以用莪術揮發油軟膏外用局部敷治。