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益生菌和益生元有區別，益生菌在醫院或者藥店自行能夠買到，例如雙歧桿菌和乳酸桿菌，這類藥物在臨床上可以用于治療便秘或者腹瀉，其作用機理就是給腸道提供正常的、數量充足的益生菌。益生元屬于化學物質，這類化學物質能夠促進益生菌生長，同時抑制有害菌生長，臨床上較為常用的藥物有乳果糖。這類藥物使用的過程中，除了能夠治療便秘，還可以改變腸道pH值，如降低腸道pH值，有利于益生菌的生長，同時可以抑制有害菌的生長。如果益生菌和益生元合用，通常能夠起到1+1>2的作用。有嬰兒的家庭，買奶粉時可能發現部分奶粉標注有合生元，代表奶粉內既添加益生菌，也添加益生元，使用這種奶粉，可能會減少嬰幼兒出現腹瀉、便秘的可能性。在臨床中，對于便秘、腹瀉的患者，如果單用益生菌治療效果欠佳，醫生會考慮添加益生元類藥物，起到共同協調治療的作用。