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益生菌有很多種，包括雙歧桿菌、乳酸桿菌、糞腸球菌以及地衣芽孢桿菌。雙歧桿菌、乳酸桿菌又分成很多種類，所以看到益生菌藥物有各種各樣的成分。還有現在新出現的益生菌，如布拉迪酵母菌，還有常吃的地衣芽孢桿菌、媽咪愛(枯草桿菌二聯活菌顆粒)中的枯草桿菌，這些其實屬于益生菌的范疇。在酸奶添加劑中，益生菌更多，如嬰兒雙歧桿菌、青春雙歧桿菌、乳酸桿菌以及嗜酸乳桿菌。益生菌雖然多，但實際上現在已經明確的食品添加劑到酸奶或食品中，還有用于特殊用藥的益生菌種類有限。對這些細菌，通常是已經研究得比較明白，開始在臨床上進行規范使用的益生菌，所以只要是正規的廠家出產的藥品，或是在酸奶中添加的益生菌，這都可以放心用，這些益生菌對于調節腸道微生態，對于人體健康的恢復，都有很好的作用。