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胃腸道間質瘤的病因尚不明確，因此沒有直接有效的預防手段，可在癥狀出現時及時就醫，由醫生判斷并明確病情，要做到早期發現，早期治療。胃腸道間質瘤的診斷多取決于臨床的癥狀、內窺鏡的檢查、CT的檢查，及體格檢查，較大的間質瘤多可在腹部體表觸及較硬的腫物，超聲內鏡引導下的黏膜腫物穿刺可獲得病理診斷胃腸道間質瘤， CT有利于判斷胃腸道間質瘤是否出現遠處轉移，如肝轉移、肺轉移等位置。