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目前很多研究已經證實，腸道菌群與腫瘤的發生發展，均存在一定相關性。如乳腺癌、結直腸癌等腫瘤，與腸道菌群存在相關性，其作用機制主要是腸道菌群引起黏膜損傷及慢性炎癥，繼而產生有害物質，引起腫瘤發生及發展。另外，有研究表明腸道菌群與腫瘤的轉移，及耐藥性也有一定關系。常見胃癌、宮頸癌、直腸癌等，與腸道菌群關聯緊密。