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胃腸道間質瘤的惡性程度分級標準，一般有兩個指標，第一個根據間質瘤直徑，第二個根據核反應、核分裂象，這兩個指標。 從瘤體的直徑來分，＜2cm的是極低度惡性，在2-5cm的叫低惡性度，5cm-10cm是中度惡性，＞10cm的是高度惡性。 核分裂象，＜5的是低度惡性，＞5的是高度惡性。5.5cm的胃腸間質瘤是惡性的，一般來說在治療上要求手術切除，要做到R0根治，R0切除。