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多數惡性胃腸道間質瘤都不會遺傳，但約有5%會遺傳，被稱為是家族性胃腸道間質瘤。多數惡性胃腸道間質瘤不會遺傳，因為只有發生在生殖細胞當中的突變才有可能遺傳下來，這種突變叫做胚系突變。胚系突變都是發生于胚胎發育時期，此時的患者已經攜帶有變異基因，大部分都是從父母遺傳而來，并且存在于生殖細胞內會再一次遺傳給自己的下一代，而引發胃腸道間質瘤的基因突變，包括C-KIT或PDGFRα基因活化突變，大部分是體系的突變，約有5%的惡性胃腸道間質瘤有家族史。 一個家族中往往有多個患者，家族性胃腸道間質瘤聚集發病現象雖然罕見，但也并非絕不存在，這種小概率事件同樣與基因種系有關，比如Ⅰ型神經纖維瘤病相關性胃腸道間質瘤，對于家族遺傳性腫瘤，基因檢測可以取得比較良好的防治效果。如果不幸發現自己有遺傳風險，定期檢測觀察，早發現、早治療，疾病控制效果也會很好，患者不必為此過多憂慮。