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臨床常用的菌落計數的方法是在無菌體液、尿液當中去檢測菌落計數，用菌落的計數衡量在臨床上是否達到治病量，一般尿液會采取用1μl的接種環接種，用1μl接種環的量×1000就是每毫升當中菌落的含量，如果用的是10μl，就會×100，換算出來也是每毫升菌落數的含量。一般革蘭陰性桿菌是需要＞10^5/ml有臨床意義，革蘭陽性球菌一般是＞10^4/ml有臨床意義。也需要結合臨床，比如患者在使用抗生素的過程當中或者是尿液比較頻，會導致菌落計數減少，菌落計數在比較純的情況下在臨床也有意義的 菌落計數不僅包括尿液，還有肺部的肺泡灌洗液，做菌落計數之后，會有助于臨床判斷是否是致病菌。