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如果初次診斷肺結核查痰的陽性率較低，因為全國平均水平是30%，即使在大醫院也就達到50%左右。現在增加了新的診斷技術，比如基因檢測，分子生物學的檢測方法，查痰率有所增加，在查痰率較高的城市可能達到70%的陽性率，但普通醫院水平在30%左右。所以對于菌陰肺結核的病人不一定不傳染，因為痰菌陽性和陰性跟每次咳出痰的含菌量有直接關系，只有每毫升痰中含有5000-10000條菌時，才能看到有結核菌。所以痰菌陰性，結核菌沒有查到的初診病人還是具有傳染性，不能完全排除不傳染。但是如果經過治療的患者，比如治療幾個月反復查痰，規定連續查2個月的痰涂片或者培養如果都是陰性，就認為是真正的轉陰，這部分人就不具有傳染性或者傳染性非常低。