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肥厚型心肌病目前認為是遺傳性心肌病，主要原因是因為基因突變導致的肥厚型心肌病。一般在臨床醫生確診的時候，會建議患者進行基因檢測，基因突變有兩種類型，一種稱為良性的基因突變，一種稱為惡性的基因突變。 良性基因突變的患者可能預后比較好，壽命不會受到影響，也不會出現心血管事件。惡性基因突變會在患者很年輕的時候出現猝死的風險，或者很快進展為心衰，擴張性心衰。所以首先一般建議患者進行基因突變的篩查，確認是良性突變還是惡性突變。 其次，對于已經形成肥厚的這部分心肌病病人，建議用β受體阻滯劑進行長期的藥物治療，可以預防其進展，也可以預防心律失常的發生。如果是非梗阻性患者，還可以加用鈣離子拮抗劑同時治療。