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高危的胃腸間質瘤治愈的可能性相對較小，治療的目的是延長生命，提高生活質量。臨床上醫生根據腫瘤大小、原發部位、核分裂象計數將胃腸道間質瘤復發風險分為四級，極低危、低危、中危和高危。危險度分級越高預后越差，胃腸道間質瘤的主要特點在于術后容易引起復發轉移。高危的胃腸道間質瘤之所以很難治愈，原因在于腫瘤體積越大其惡性程度越高，術后復發轉移的幾率越高。這種情況下，患者雖然做了根治性手術，但腫瘤容易轉移到其他臟器，必須采取輔助治療，即服用靶向藥物的方式延長患者的生命。通常高危的胃腸間質瘤患者術后接受輔助治療至少3年，腫瘤破裂者需要更長時間的輔助治療。按照美國NCCN和中國臨床腫瘤學CSCO指南，伊馬替尼、舒尼替尼、瑞戈非尼和瑞派替尼，是一線到四線胃腸道間質瘤的靶向藥物，可以有效減少高危胃腸道間質瘤的復發和轉移。