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患者懷疑有腸結核，需做腸鏡、腹部CT、胸部CT，血沉即紅細胞沉降率、結核菌素試驗和T-SPOT檢查，幫助明確是否有腸結核或者腸外結核。進行腸鏡檢查時在回盲部發現腫物或者重型潰瘍，是腸結核的典型表現，更懷疑局部腸道病變，很可能發生腸結核。確診需病理診斷，通過取組織活檢，抗酸染色，觀察是否有腸結核的可能。另外還需進行腹部CT檢查，觀察是否合并結核型腹膜炎，常規需做胸部CT，觀察肺內有無肺結核。然后抽血查紅細胞沉降率，患有腸結核紅細胞沉降率會增快，T-SPOT值呈陽性，一些腸結核是全身系統性結核的局部表現，即患者原來可能患有肺結核。因此患者懷疑有腸結核時，診斷腸結核，需抽血、做腸鏡，以及胸腹部CT對患者進行綜合診斷。