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異常凝血酶原是臨床上比較常用的肝癌腫瘤指標，部分肝癌患者異常凝血酶原很高。而且隨著腫瘤的進展或者治療有效之后，異常凝血酶原也會相應進行變化、波動，所以異常凝血酶原是肝癌的腫瘤指標。但并不是所有的肝癌患者異常凝血酶原都會高，而且也不是所有異常凝血酶原高的患者都有肝癌的存在。正常肝細胞合成的凝血因子是正常的凝血因子，但當出現維生素K缺乏的時候，就不能合成正常的凝血因子，而只能合成沒有凝血功能的異常凝血因子，包括異常凝血酶原。而肝癌患者的肝細胞不是正常肝細胞，不能合成正常的凝血因子，只能合成異常凝血酶原。因此部分肝癌患者異常凝血酶原很高，則是幫助進行診斷的指標。但是除了肝癌之外，還有其他因素會引起異常凝血酶原合成增高。比如使用特殊的藥物，雙香豆素類抗凝劑，如華法林。使用華法林的患者，由于維生素K吸收障礙，所以患者也可能出現異常凝血酶原明顯升高的情況。當然對于其他因素，比如長期使用抗菌素，特別是頭孢類抗菌素，以及嚴重的肝功能失代償患者，或者是維生素K腸道吸收功能障礙的患者，同樣因為維生素K的攝取不足而導致異常凝血酶原合成的增加。而上述因素并不是肝癌的情況，因此診斷不能單看異常凝血酶原的指標，還有綜合考慮其他的腫瘤指標，如甲胎蛋白等。另外還有影像學的檢查，如CT、磁共振，以及患者是否有肝炎的背景，還有穿刺活檢病理檢查等，做出綜合的診斷。