何首烏具有一定的毒副作用，其毒副作用主要是因為何首烏含有毒性成分蒽醌類，如果長期過量服用，結果就好像服用大黃酸，大黃酚，大黃素，大黃素甲醚等，如服用量過大對胃腸產生刺激作用，出現腸鳴，惡心，腹痛，腹瀉，嘔吐等癥，勢必會產生毒性，常見的便是腹瀉。

何首烏與錯誤的食用材料一起搭配，食用后會造成身體不適。何首烏若與其他的食物一起服用，切記不可同以下這些食品一同煎熬：蔥、蒜、豬肉、無鱗魚、鐵質器，或者會出現頭暈眼花等癥狀，重者可出現陣發性強直性痙攣，躁動不安，抽搐，甚至發生呼吸麻痹。

過量服用何首烏會對胃部會造成損害。在何首烏的小鼠試驗中，何首烏水煎濃縮液長期給小鼠灌胃，可使小鼠腎上腺重量明顯增加。何首烏還有類似腎上腺皮質功能的作用，對摘除雙側腎上腺的小鼠，可使其應激能力明顯提高，減少冷凍引起的小鼠死亡率。制首烏對去甲腎上腺素饑餓小鼠肝糖原積累，有促進作用，使肝糖原明顯增加。