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耐藥菌株是在長期的抗生素選擇后，出現對相應抗生素產生耐受能力的菌株。細菌的耐藥性是指細菌多次與藥物接觸后，對藥物的敏感性減小甚至消失，致使藥物對耐藥菌的療效降低甚至無效。耐藥菌株的出現，增加感染性疾病治愈的難度，并迫使人們尋找新的對抗微生物感染的方法。臨床常見耐藥菌及其治療藥物主要有：1、耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌，對目前臨床使用的所有β-內酰胺類藥物耐藥，但萬古霉素和利奈唑胺有效；2、產超廣譜β-內酰胺酶的主要有大腸埃希菌、肺炎克雷伯菌、產酸克雷伯菌等，菌株對第三代的頭孢菌素、第四代頭孢菌素和氨曲南耐藥。即使實驗室報告為敏感的第三代和第四代頭孢菌素及氨曲南，在臨床上也不推薦使用。目前最有效的是碳青霉烯類，而頭孢西丁及含β-內酰胺酶抑制劑的復合劑也可能有效；3、耐萬古霉素的腸球菌包括糞腸球菌和屎腸球菌，利奈唑胺等可能有效；4、多重耐藥的鮑曼不動桿菌，對微生物實驗室除了頭孢哌酮、舒巴坦外所有檢測藥物耐藥，含舒巴坦的藥物如米諾環素和利福平可能有效。