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靶向治療基因檢測，根據不同組織、不同器官的特異性腫瘤，基因涉及檢測項目也有所差別。在檢測過程中，基因可能涉及PCR方法，部分在蛋白水平上通過免疫組化方法進行檢測，部分應用檢測KARS基因的擴增辦法，部分基因涉及，可能會使用二代測序敏感性更高的方法，臨床上根據不同基因檢測需求，而采用不同檢測方法。目前針對不同病理類型的腫瘤，基因檢測完全不同。針對晚期肺腺癌，基因檢測通常用到EGFR、ALK、ROS1、RET、MET、BRAF、NTRK等驅動基因改變，可以用到PCR、免疫組化，也可以用到二代測序方法。針對女性乳腺癌，主要進行HER-2基因過表達以及擴增辦法，有時也通過免疫組化，或進一步通過FISH方法驗證。除此以外，腸癌以及黑色素瘤針對靶基因檢測，在臨床上均有不同方法。