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肺部活檢主要用于肺部病變的病理診斷，臨床目前最常用于腫瘤的病理診斷，也是必要性最大的檢查。除此之外，還與其它學科合作診斷感染性病灶。但感染性病灶又分為幾種情況，如果是普通感染，需要根據病灶位置決定是否獲取病理標本，如果進行穿刺可能會導致感染快速擴散或者進展，屬于穿刺禁忌癥。對于肺部良性腫瘤或者有潛在惡性的良性腫瘤，也需要在第一時間進行穿刺活檢，防止漏診。 有一些非常特殊的病人發生了比較罕見的病理情況，這時必須經過穿刺活檢獲得病理標本，才能夠明確診斷，比如臨床經常遇到的淋巴瘤侵蝕肺部、惡性胸腺瘤、胸膜間皮瘤及特殊感染導致肺部占位性病變，其影像學檢查結果與腫瘤非常類似，此時通過肺穿刺活檢進行鑒別診斷非常重要。