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自身免疫性腦炎根據疾病輕重程度的不同,患者死亡率各異。如NMDA腦炎，死亡率和致殘率較高,如未盡早識別、診斷，未給予相應免疫治療，患者預后相對較差，據估測死亡率大概在10%-20%。具體死亡率與醫院救治條件、診療手段、診療水平有關。臨床上，多數患者出現呼吸肌麻痹，其與中樞性過度通氣、通氣不足有關，常面臨氣管插管、機械通氣等情況。同時，自身免疫性腦炎存在藥物不敏感，通常預后較差、死亡率偏高，需積極護理。