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雙胎妊娠的孕婦屬于無創DNA產前篩查的慎用人群，目前無創DNA檢測主要適用于單胎。雙胎無創DNA檢測準確性與胎兒游離DNA濃度密切相關，單絨雙胎因遺傳物質一致，在胎兒游離DNA總量達到40%足以進行檢測，與單胎相同，但雙卵雙胎的染色體核型常不一致，如果異常胎兒的游離DNA量低于臨界值4%，而正常胎兒的DNA量足夠多，在總游離DNA量達到檢測所需的最低值時，檢測結果可能會因為正常胎兒掩蓋了異常胎兒而提示低風險，導致假陰性結果出現。因此醫生需告知孕婦，雙胎妊娠孕婦進行無創DNA檢測時，其檢出率會下降，假陽性率會上升，孕婦在知情同意的情況下可以選擇進行無創DNA檢測。雙胎妊娠孕婦如果出現產前診斷指征，如高齡、超聲發現胎兒異常或生育過異常胎兒的病史，建議首選進行產前診斷，如羊膜腔穿刺術或臍靜脈穿刺術，直接進行胎兒染色體疾病的診斷。