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直腸間質瘤基因檢測五年前費用一般是在3000塊錢左右，而近期隨著分子生物學發展，其費用應該有所降低。對于直腸間質瘤來說，通常檢測基因只需要C-KIT和PDGFR相關的六個位點就可以了。隨著這幾年對于直腸間質瘤的更多了解，逐漸把基因檢測位點增加了，所以如果檢測基因項目越多，花費就越高，對于常見基因來說，這幾年應該是在3000塊錢以內，但是如果需要進一步做更多基因檢測，可能花費要多。而對于直腸間質瘤來說，醫生建議所有患者都應當做基因檢測，主要是因為基因檢測不僅涉及到患者是否對靶向治療藥物有效問題，還涉及到對于某些患者來說，其靶向治療藥物是不是需要增量的問題。所以對于直腸間質瘤，建議都需要做基因檢測，以確定是否適合靶向治療藥物，或者是需要提高靶向治療藥物劑量。而對于原發耐藥患者，還應當直接跳過一線靶向治療藥物，可以適當地選擇二線靶向治療藥物。所以基因檢測是非常必要且重要。