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腦脊髓在正常情況下是清潔、無菌的環境，由于各種原因引起細菌、病毒、真菌等病原微生物感染導致的炎癥稱為腦脊髓炎。患者先需要明確腦脊髓炎的致病微生物，才可以進行有針對性的治療。最常用的方法是經過腰椎穿刺，留取腦脊液標本進行細菌病原學培養，找到致病病原微生物，從而有針對性的選擇治療藥物。在這種情況下，大多數腦脊髓炎患者可以得到良好的治療效果。 但由于腦脊髓部位比較深，大多數常見的抗菌素不能進入腦脊髓，所以抗菌素選擇的范圍會比較小，抗菌藥物的劑量往往比較大，而且治療的療程也比其他部位更長，治療的效果相對也更差。 如果在感染非常嚴重的情況下，可以輔助其它的治療方式，比如采用引流感染腦脊液的方法促進正常腦脊液的生成，加速感染病灶的清除和腦脊液的廓清，從而達到治療腦脊髓炎的效果。