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骨髓炎抗生素的選擇要根據致病細菌的種類，患者的情況還有用消炎藥治療的效果，化驗取分泌物，做細菌培養和藥敏試驗的結果綜合而選定。通過分泌物的培養或者血培養，能知道是哪一種細菌感染，并且做藥敏試驗，根據化驗結果選擇抗生素，是最準確的。沒有培養出細菌，根據經驗選擇抗生素，要選擇比較廣譜、足量的，一般主張聯合用抗生素藥，要足療程的應用抗生素，選擇能覆蓋革蘭氏陽性和陰性的抗生素。比如用一代的頭孢，頭孢唑林，頭孢西丁聯合氨基糖甙類，如慶大霉素、阿米卡星，或者一代頭孢聯合喹諾酮類，環丙沙星、左氧氟沙星，通過治療之后看效果。效果包括是不是紅腫熱痛減輕，抽血化驗，查血沉和C-反應蛋白是不是指標有所下降，通過治療有效，就繼續用，如果沒有效，就選擇更高級別抗生素。比較高級別抗生素根據懷疑細菌種類，陽性菌感染選擇替考拉寧和萬古霉素，懷疑是革蘭氏陰性菌感染的選擇頭孢他啶、亞胺培南-西司他丁或者美羅培南。