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自免肝是指自身免疫系統把肝膽系統當作異源性器官進行攻擊，從而導致肝膽系統出現損傷，遠期損傷嚴重會引起肝膽衰竭。其中自身免疫性肝病又包含自身免疫性肝炎、原發性膽汁性膽管炎、原發性硬化性膽管炎，以及IgG4相關的肝膽疾病，這些主要是因為自身免疫系統將不同的靶細胞，當作異源性進行攻擊。其中自身免疫性肝炎就是把肝細胞當作異源性細胞進行攻擊，從而導致肝細胞壞死、肝炎、肝損害。在后期容易引起肝硬化、肝衰竭，因此在早期就必須及時給予相應處理，包括抑制免疫力，這種情況下才能夠減緩疾病的進展。其他類型的主要是肝內膽管或者肝外膽管進行相應攻擊，從而引起膽汁性淤積、膽汁性肝硬化，患者早期主要是要以利膽為主，再配合抑制自身免疫力的藥物。針對自免肝，早期處理預后比較好，如果患者出現肝萎縮、肝硬化，再進行處理可能就比較復雜，可能最終需要肝移植治療。