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非典型肺炎通常指非典型病原體所致的肺炎，非典型肺炎的病原體通常指支原體、衣原體和軍團菌，需要與非典進行鑒別。通常所說的非典并非非典型肺炎，而是指傳染性非典型肺炎，是由SARS冠狀病毒引起的急性呼吸道傳染病，與普通的非典型肺炎不同，引起非典型肺炎的病原體主要是衣原體、支原體和軍團菌。不同非典型肺炎致病菌引起的肺炎有不同特征，支原體引起的肺炎通常以干咳為主要表現，而且發熱通常是中低熱，影像學表現與臨床不匹配，即臨床癥狀輕，而影像學表現相對較重。軍團菌肺炎的特點是可以出現其它系統的改變。