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食物不耐受受遺傳因素、內在因素、外界因素、發展進程等多種因素影響，因此食物不耐受有可能遺傳。通常父母有食物不耐受史，孩子患食物不耐受的風險就很高，如果父母雙方具有相同的食物不耐受癥狀，孩子食物不耐受的風險高達70%。除遺傳外，內在的免疫系統和消化系統發育不成熟，在成長過程中也會逐漸發展為食物不耐受的情況。隨著外界因素的影響，如受到外界的工業環境污染、壓力，以及濫用藥物、剖宮產、過度潔癖等，也會導致或者出現新的食物不耐受情況。如果患者在早期出現輕微的食物不耐受情況，能夠得到有效的改善和干預，癥狀可能得到控制或治愈，但如果沒得到重視，任其發展，食物不耐受的癥狀有可能加重，或表現出新的癥狀。總而言之，遺傳因素是增加食物不耐受概率的原因之一，但即使父母沒有食物不耐受，通過后天或外界因素的影響依舊會存在風險，因此建議患者任何時候都不能放松對不耐受的關注和警惕。