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胃腸道間質瘤預后相對于胃癌較好。但要根據腫瘤大小、核分裂象情況進行判斷。根據腫瘤大小與核分裂象，可以將胃腸道間質瘤手術以后的復發風險分成四個等級，包括極低危、低危、中危、高危。 中危與高危患者在手術后易出現復發轉移，這部分患者要進行靶向輔助性治療，對于一些低危或極低危胃腸道間質瘤患者，手術以后的預后較好。極低危患者手術以后轉移風險為0%，所以這部分患者可能復查也無需跟進。 如果是一些低危患者還會存在一些復發轉移的可能性，這部分患者建議進行定期復查。中危與高危患者，手術以后出現復發轉移幾率較高，這部分患者預后相對差一些，患者除靶向綜合性治療外，這部分患者需進行胃鏡、腹部CT等定期復查，早期發現，早期治療。