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亞急性細菌性心內膜炎最常見的病原菌是草綠色鏈球菌。亞急性細菌性心內膜炎的患者進行血培養時，通常培養出來的細菌是草綠色鏈球菌。亞急性細菌性心內膜炎與急性細菌性心內膜炎的致病菌不同，急性細菌性心內膜炎的致病菌常是金黃色葡萄球菌，而亞急性細菌性心內膜炎的致病菌常是草綠色鏈球菌。草綠色鏈球菌與金黃色葡萄球菌相比，草綠色鏈球菌的侵襲力和致病力稍弱。因此，草綠色鏈球菌所致的亞急性細菌性心內膜炎起病更緩慢。當存在心臟瓣膜疾病的患者出現菌血癥時，草綠色鏈球菌會順著血流到達心臟，同時定植在有損傷的心臟瓣膜上，進而形成贅生物。當贅生物脫落時，可隨著血流運轉到重要的臟器，如肝臟、腎臟、脾臟，甚至顱內，從而造成重要臟器的膿腫。此外，若亞急性細菌性心內膜炎患者的重要臟器出現膿腫，多是草綠色鏈球菌所致。