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一般幽門螺桿菌檢測陰性，說明沒有幽門螺桿菌感染，但并不全是如此，部分情況雖檢測陰性，但會出現假陰性，即有幽門螺桿菌感染沒有檢測出來。如在檢測幽門螺桿菌前，患者在這2周內服用一些抗生素，包括阿莫西林、甲硝唑、克拉霉素、左氧氟沙星、呋喃唑酮、米洛環素等。還有在檢測幽門螺桿菌前2周，患者服用質子泵抑制劑類的藥物，如奧美拉唑、蘭索拉唑、雷貝拉唑、泮托拉唑、埃索美拉唑等，均可能使檢測結果出現假陰性。此外，假陰性的出現可能為雖有幽門螺桿菌感染，但幽門螺桿菌感染不在胃里彌漫存在，可能這一處有感染，另一處沒有感染，在做組織學的檢查取的胃黏膜上沒有感染，亦可能會出現假陰性的情況。故對于臨床上判斷幽門螺桿菌陰性是否為真的沒有感染，應結合具體情況進行具體分析。