蛋白酶抑制劑會妨礙人體消化蛋白質，讓雞蛋中的優質蛋白質無法充分被人體利用。比如雞蛋清中的卵黏蛋白就有這種作用。比較幸運的是，這些搗亂的蛋白質都在蛋清里，而且比較怕熱，在蛋白加熱凝固之后，這些成分就會失活，雞蛋就可以被人體消化吸收。蛋清在60攝氏度的溫度下就可以緩慢地凝固，凝固速度慢的時候，它的質地比較軟嫩。如果加熱溫度比較高、時間比較長呢，蛋清就會凝固得更緊密，口感比較老硬。蛋黃中妨礙消化吸收的因素非常少，所以理論上說，只要蛋白凝固，蛋黃不完全凝固也不妨礙雞蛋的營養價值。蛋黃比蛋清的凝固溫度高，要到70攝氏度以上才能緩慢凝固，所以在加熱過程中才會出現蛋清凝固、蛋黃還沒有凝固的階段，也就是溏心蛋了。

第二個方面，雞蛋烹調過程中，必須把細菌和病毒殺死。

溏心蛋被人們擔心的主要問題是怕加熱溫度不夠，不能殺滅沙門氏菌等治病微生物和禽流感病毒。

這是因為在70攝氏度以下的時候，雖然蛋清凝固了，但細菌還不一定被充分殺滅。除非時間比較長。雞蛋殼上常常會污染沙門氏菌，在禽流感病毒流行季節，也有可能沾上病毒。

我們都知道“巴氏殺菌”的原理，就是讓細菌和病毒的蛋白質發生變性，從而把它們殺死。加熱溫度越高，細菌和病毒死得越快。如果在70攝氏度以下加熱，沙門氏菌需要20-30分鐘才能被殺滅。假如是100攝氏度的高溫，它就會在幾秒鐘之內死掉。禽流感病毒在60攝氏度下也要加熱30分鐘才保證徹底殺滅，而100攝氏度下1分鐘就能殺死。如果溏心蛋的加熱溫度到不了中心溫度72度(食品工業對“烹熟”的定義)，時間又不到半小時，還是有可能讓沙門氏菌和禽流感病毒漏網的。