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一旦發現胃腸道間質瘤，并不是馬上要進行手術切除，醫生會根據腫瘤的位置、病理特點來進行綜合評估，以決定是否要手術切除。胃腸道間質瘤手術適應證包括以下幾條：1、胃腸道間質瘤在胃部的瘤體＜2cm，但是有超聲內鏡下危險因素，此時建議手術治療；2、＞2cm的胃腸道間質瘤，影像學判斷后可以做到R0切除，即徹底切除，或者通過伊馬替尼的輔助治療后，可以做到R0切除；3、食道、結直腸、小腸部位的胃腸道間質瘤，如果是局限性胃腸道間質瘤，應該進行手術切除；4、可切除的晚期孤立性胃腸道間質瘤，如果出現轉移病灶，也可以做手術；5、不可切除的胃腸道間質瘤原發或轉移復發的病灶，在伊馬替尼輔助治療達到最大反應之后，盡量做病灶的部分，或者全部切除來進行減瘤；6、如果胃腸道間質瘤出現了急診的情況，比如出血、穿孔、梗阻，則應積極進行手術治療，以挽救生命。胃腸道間質瘤常見的手術方式包括開放手術、腹腔鏡手術、腹腔鏡與內鏡聯合手術、機器人手術，醫生會根據患者的腫瘤情況和自身條件來選擇手術方式，進行個體化治療，使患者達到最佳的療效。