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病理診斷是最終診斷，大多數疾病的確診都需要做病理檢查，病理檢查也是金標準。結核是由人型結核分枝桿菌感染所致，大部分為肺結核，小部分會在肺外發病，統稱為肺外結核，如淋巴結核、骨結核、腎結核等。結核病從本質來講就是一個炎癥，不過它是一種特殊炎癥，在病理上有特征性改變，鏡下可見上皮樣細胞形成的結節，多核巨細胞及干酪樣壞死，結節的外周有纖維組織圍繞及大量的淋巴細胞浸潤。 病理醫生根據這種特征性的改變來診斷結核。但病理檢查是一種有創檢查，需要從患者身上取少量組織，這會造成患者一定的痛苦，因此患者的接受度不高。目前肺結核的診斷主要依靠胸部影像學、痰結核菌檢查，并結合臨床表現，PPT試驗等來綜合考慮。只有診斷不明確以及難以與腫瘤，如結核瘤等疾病鑒別的情況下才需要做病理檢查，另外肺外結核通常需要做病理檢查才能確診。