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胃腸道間質瘤患者服用伊馬替尼耐藥后，可以換用二線的舒尼替尼，或者采用伊馬替尼加量治療，還可以換用瑞派替尼治療。國內外指南都推薦伊馬替尼作為胃腸道間質瘤的一線用藥，但是半數以上的患者會發生繼發耐藥。在輔助治療期間，如果出現腫瘤的復發或者是轉移，很可能是出現了耐藥，此時患者應該遵從醫囑按照相關治療原則接受二線及以上的治療。根據《CSCO胃腸道間質瘤診療指南》2022版顯示，應用伊馬替尼出現耐藥后，患者可換用二線舒尼替尼治療，這是指南中等級最高的推薦(一級推薦)，二級推薦包括伊馬替尼增加劑量，且伊馬替尼加量的研究顯示，1/3的患者可再次獲益。此外，患者也可換用瑞派替尼治療，推薦等級是2級，1A類。研究顯示，對于伊馬替尼耐藥的患者，瑞派替尼的無進展生成期和舒尼替尼相當，并且具有良好的安全性和耐受性。