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橋本氏甲狀腺炎一般是由病人自身免疫異常所引起的疾病，該病其實是一個日本醫生在上個世紀發現的甲狀腺異常現象，然后以他的名字進行命名。而該病在臨床上準確的診斷應為慢性淋巴細胞性甲狀腺炎，只不過是方便起見，將其稱為橋本氏甲狀腺炎。橋本氏甲狀腺炎的本質是因機體免疫異常，導致淋巴細胞攻擊自身正常的甲狀腺組織，甲狀腺濾泡細胞及濾泡細胞周圍組織發生自身免疫性炎癥，包括濾泡細胞的增生、水腫，此外還破壞甲狀腺組織里面的血流組織及周圍纖維組織等，進而產生一系列改變。此時甲狀腺濾泡細胞可能會非正常釋放過量激素，同時甲狀腺組織和血液組織中的淋巴細胞會產生自身抗體，常見的自身抗體是抗甲狀腺球蛋白抗體(TGAb)和抗甲狀腺過氧化物酶抗體(TPOAb)。上述抗體一旦同時在血液里出現，便可將其測量出來，如果血液中測量的上述抗體均為陽性，即可診斷為慢性甲狀腺炎。